中藥制丸機可用于實驗室，新產品的開發，還可以使用還小批量生產和個人藥物開發研制。在使用前，先取下蓋殼、齒輪箱蓋，在油滴眼處滴加數滴沒有水分的食用油，再用醫學酒精擦洗四柱滾子和藥片相的部位，做消毒處理。然后關閉蓋殼牌、齒輪箱蓋，重新復位，接通電源，打開開關，空機旋轉1 - 2分鐘。在下面介紹中藥制丸機的各種使用方法:

1、拋光方法：將藥丸放在水丸包衣器中，連續翻滾，滾動時間越長，表面越光滑。
2、水丸：將藥面放入包衣器中，逐步放入米湯，形成粒狀后，采用間隔不斷噴淋食用水，可逐步滾制成丸。
3、調配均勻的團狀藥料：取適量投入擠壓槽口中，進行壓餅，然后將餅狀藥料投入出條槽中成條，再將以做成的藥條逐根橫放在制丸槽中直接搓制成丸。
4、烘干方法：藥丸制成后，將藥丸進入水丸包衣器進行電加熱亦可進行烘干。以可用電吹風的熱風烘干，也可直接在陽光下曬干。
5、中藥制丸機包衣：待藥丸制成后，可放在水丸包衣器中，包成白色、紅色等外衣。